1898年英國租借新界之前，元朗和屯門兩區甚少西方人士踏足，原因是交通不便，環境亦不熟悉。英國接管新界後，傳教士隨之而來，開闢新天地。最先到新界西拓展事工的是倫敦傳道會，皮堯士牧師（Rev. Thomas W. Pearce）差派傳道人黃述芳隻身探路，先往上水石湖墟，再步行至元朗，見有大型墟市，人口密集，民風純樸，決定開展佈道工作，建立「元朗福音堂」，被視為新界第一間新教教堂。
新界傳道會
倫敦傳道會為加強新界的傳道工作，1900年在威禮士牧師（Rev. Hebert R. Wells）主導下，華人的道濟會堂和西人的愉寧堂聯合成立新界傳道會，到各地巡迴佈道，足跡遍及十八鄉、新田、屏山、屯門和荃灣。早年新界還未有現代公路，亦無馬車和汽車代步，傳教工作甚為艱苦。
1903年元朗福音堂遷至元朗墟東門口（今東頭村）一間舊屋，黃述芳幾經辛苦籌得數百元，1906年在福音堂旁興建兩層高的小樓，名為「真光書室」。他深感社會重男輕女，女子沒有機會接受教育，1916年再建另一樓房供女生就讀。這兩間新式學校就是今天中華基督教會元朗真光小學的前身。
1918年，長老會、倫敦傳道會和公理會等代表在南京開會，議決合一，組成中華基督教會聯會，以發揮更大的傳教功效。香港當時隸屬中華基督教會廣東協會第六區會，1919年元朗福音堂擴建，易名「中華基督教會元朗堂」。
中華基督教會廣東協會第六區會在1932年接收新界傳道會的工作，新界傳道會隨之於翌年結束。1949年中國政權變更，教會撤退，第六區會改組為「中華基督教會香港區會」，行政獨立。
隨着教徒增加，活動空間不足，中華基督教會元朗堂和真光學校遷到擊壤村旁（今屏信街）。新堂於1960年啟用，翌年創辦真光幼稚園，真光小學新校舍亦於1963年在毗鄰落成（2006年已遷往元朗鐘聲徑）。今天所見的元朗堂是1993年重建的面貌，外貌新穎，但其開基年份可追溯至1898年。
倫敦傳道會在新界開創的教會還有長洲堂（1904年）、荃灣的全完堂（1905年）、川龍堂（1905年）、林村堂（1907年）、屯門堂（1908年）、大埔堂（1911年）、大澳堂（1919年）、沙螺灣堂（1919年）、梅窩堂（1930年）等。大部分教堂都附設新式學校，開教育風氣之先。至於天主教傳教士，早年主要在新界西設立傳教點，到1919年青山公路建成後才開始進入元朗佈道。
屯門馬禮遜樓
屯門新墟有一座1936年興建的別墅，屬抗日名將蔡廷鍇擁有。1946年10月他借給中共開辦全日制高等院校，名為「達德學院」，培育香港的年輕人。但僅維持了兩年零四個月，到1949年2月便遭港府以政治理由撤銷註冊資格，學校關閉。
1952年倫敦傳道會買下舊校舍，供傳教士使用。原來的別墅（即達德學院本部大樓）改名「馬禮遜樓」，紀念第一位來華的新教傳教士馬禮遜；達德學院興建的女生宿舍（1940年代興建，又名紅樓）則改名「何福堂會所大樓」，紀念香港第一位華人牧師何福堂。
倫敦傳道會初期將舊校舍借予中華基督教會香港區會作為女宣教師學校，名為「香港神學院」，其後該校遷出，併入馬料水的崇基學院。達德學院的民主講堂已被拆卸，改建為飯堂。1950年代倫敦傳道會加建了「梁發之家」、馬可堂，和「伯大尼之家」等單層石屋，如今已成歷史建築。
1961年倫敦傳道會將該址業權轉移給中華基督教會香港區會，供牧師和教徒退修之用。1960年拔臣小學遷至馬禮遜樓旁的新建校舍，1963年教會又在毗鄰創辦何福堂書院，以滿足區內教育需求。自此馬禮遜樓被校舍所擋，其歷史逐漸被人遺忘。
2003年教會申請拆卸馬禮遜樓，才引起社會注意，特別是達德學院校友會的舊生。經屯門區議會反映，政府先將馬禮遜樓列為暫定古蹟，2004年引用《古物及古蹟條例》宣布為法定古蹟。這是政府首次未得業權人同意，單方面將私人建築物納入永久保護，阻止清拆。
馬禮遜樓經歷住宅、學校和教會等不同用途，為屯門區留下一段獨特的歷史。該組建築群多年來一直棄置，隨着歲月日增，每幢建築物都有不同程度的破損。2010年政府曾為馬禮遜樓進行維修，但教會尚未有計劃活化。希望不久將來，大眾可以入內參觀，透過這些古蹟認識一頁重要的中國近代史和香港教會史。
聖公會霍約瑟主教
香港另一個較早到新界傳教的新教教會是聖公會，1898年英國租借新界，同年霍約瑟（Rev. Joseph Charles Hoare）以46歲之齡獲擢升為聖公會維多利亞教區第四任會督（即主教），接掌華南工作。他早於1875年已來華傳道，在寧波建立聖經學院，訓練神職人員和宣教士，成績超著。他到港後重整聖保羅書院，對新界佈道工作甚為注重。
1906年9月14日，他帶領聖保羅書院四位華籍神學生乘坐帆船前往青山（屯門）宣傳福音，18日即佈道的最後一天，他們準備回程，卻不幸遇上突如其來的颱風，他們所坐的船隻被打沉，霍約瑟主督與四名學生葬身大海，全船僅得兩名船員生還。這是香港傷亡最嚴重的一次颱風，天文台事前並無預告，結果造成逾萬人死亡，史稱「丙午風災」。
霍約瑟主教終年55歲，中環會督府旁邊的霍約瑟紀念校舍（現為聖公會明華神學院使用），外牆下方鑲有一塊碑石，記錄了他在華的傳教工作和遇難經過。
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