香港大學校長張翔教授表示：「港大會審慎理財，在目前的經濟環境下進一步策略性地提升大學的國際表現。」期盼特區政府在經濟逐漸復甦時能夠重新評估對大學的資助政策。
香港中文大學校長盧煜明教授表示：「中大會仔細研究如何將預算案對教學、研究等方面的影響減至最低。」
香港科技大學葉玉如教授表示：「科大將恪守財政審慎的原則，在不影響教學素質及研究實力的前提下，推動跨地域/跨院校科研協作，以爭取更多海內外的研究撥款，及促進知識轉移等收入。」
香港城市大學表示會在現有資源下持續推動創新，並積極開拓知識轉移、技術發明及專利等多元收入來源、爭取更多研究經費，也繼續推動數碼化增效節流。
香港教育大學表示，盡力做好本份與政府共渡時艱。
中大：配合政府推創科及搶人才政策
首年學士學額洗牌，中大以0.6%學額增幅排第二，三個學年總學額為9825個，僅次於浸會大學（增1.5%）。中大指政府籌建第三個InnoHK創新香港研發平台、資助本地大學設立「生命健康研發院」、續推「人工智能資助計劃」和新一輪15億港元的「研究配對補助金計劃」等，與中大在生物醫學、人工智能及可持續發展等領域的優勢契合。
科大：冀預留資源予第三間醫學院
科大歡迎政府預留資源，以配對形式供大學籌建新醫學院。葉玉如指科大過去一年跟超過20所國家及全球頂尖的醫學院、醫院及企業開拓簽署合作協議，為腦健康領域臨床醫生提供科研培訓，促進交流，與政府爭取在2025年底成立「真實世界研究及應用中心」，加強新藥在全球審批上市、推動大灣區與本地醫護交流聯動、長遠建立區域醫護人才庫的發展方向，與科大不謀而合。
理大：大力支持北都發展
理工大學校長滕錦光教授全力支持政府投放資源開發北部都會區（北都），加速創科產業發展及推動香港成為國際專上教育樞紐，「理大高度重視籌建第三所醫學院的工作。過去45年，理大為各醫療專業培養了52000名畢業生。大學設有物理治療、職業治療、放射治療、眼科視光學、醫療化驗、言語治療、護理學等課程，並擁有相關實驗室及教研設施，具備優越的條件籌辧醫學院，能發揮學科協同發展的優勢，令醫科人才培育更具成本效益。」
嶺大、科大、理大：積極發展AI作為香港關鍵產業
政府預留10億元成立香港人工智能研發院，又準備推出新一輪15億元的「研究配對補助金計劃」，以鼓勵更多大學學者投入AI、新材料、人道科技等前沿技術領域的研究。嶺南大學校長秦泗釗教授歡迎預算案將人工智能列為香港關鍵產業，加速新質生產力發展。嶺大第一期超算中心「嶺南HPCNexT」2月已正式啟用，現正全力促進以人為中心的AI研發，中心設有數十台超算電腦，運算力與近期全球排名前100。第二階段超算中心快將在「嶺南坊」（Lingnan Hub）啟動，配備最先進的環保冷卻技術，估計能將專案計算時間由數月大幅減至幾小時。
科大牽頭成立InnoHK香港生成式人工智能研發中心及InnoHK香港太空機械人與能源中心，前者推出HKGAI V1大模型，為香港AI發展史重要里程碑；後者正效力國家嫦娥八號任務。
理大也於2025年初成立了計算機及數學科學學院，早前更開設了人工智能及大數據計算、生成式人工智能與人文科學等碩士課程，回應人工智能時代對人才和技術的需求。並計劃成立「人工智能+研究院」，研究AI輔助診療等。
高教界一致歡迎政府進一步落實北部都會區的產業空間布局，加快河套合作區、新田科技城、沙嶺數據園區等重大項目，為香港創科發展注入無限潛能。
都大、東華學院、THEi高科院：支持自資院校擴容提質
香港都會大學、東華學院、THEi高科院皆歡迎教育局將逐步放寛自資院校招收內地生、澳門及台灣學生限額，由10%提升至40%，與八間資助大學看齊，吸引一帶一路及國際優秀境外學生入讀。都大申請政府新一輪「開辦課程貸款計劃」的免息貸款以發展新校舍大樓及增加新宿舍。
東華學院校長陳慧慈教授歡迎預算案推出新一輪批地計劃，以象徵式地價批出土地及免息貸款支持自資院校提升校園環境和教學素質，為青年人提供更多元化升學出路，並積極爭取在90公頃的『北都大學教育城』中一席位，藉自身醫護教育優勢，與第三間醫學院發揮協同作用。
香港高等教育科技學院（THEi高科院）現正積極準備升格成為應用科學大學，冀可於2026年完成學科範圍評審。
