台灣於5月20日（周一）舉行第16任總統、副總統宣誓就職典禮，這是民進黨首次連續3屆執政，打破8年政黨輪替的格局。
上午近9時，賴清德伉儷與蕭美琴抵達總統府，與總統蔡英文握手致意，同時進入會場。在司法院院長許宗力監誓下，賴清德、蕭美琴宣誓就任總統、副總統。接着，兩人分別從國民黨籍立法院院長韓國瑜手中接過總統印信和副總統之章。結束後，蔡英文在賴、蕭二人陪同下步出大禮堂，接受總統府員工歡送，並向民眾揮手致意後離去。
蔡英文在Facebook發文表示，感謝台灣人民給她機會，託付了對台灣改變的期待，任內促進轉型正義、提升台灣競爭力….等，為展現民主價值打下了堅實的發展基礎。她希望台灣會繼續團結前進：「再次感謝每一位台灣人民，未來，我會繼續在不同的崗位上，和大家、和台灣並肩前行。」
卓榮泰任行政院長 吳釗燮任國安會秘書長
就任後，賴清德簽署第一份人事命令，任命卓榮泰為行政院長、潘孟安為總統府秘書長、前外長吳釗燮為國家安全會議秘書長，以及簽署卓榮泰所提名的政務官員任命令，並舉行宣誓典禮。蕭美琴、韓國瑜、許宗力、考試院長黃榮村及監察院長陳菊均在場觀禮。
賴清德政府已宣布的閣員名單中，不乏多位獨派色彩人士，有的更名列台獨頑固分子。國台辦發言人陳斌華於15日表示，民進黨當局一直頑固堅持台獨分裂立場，拒不承認體現一個中國原則的九二共識，指使縱容台獨頑固分子公然宣揚兩國論，大肆勾聯外部勢力謀獨挑釁，蓄意挑釁激化兩岸對立對抗，粗暴阻撓限制兩岸正常交流交往，不斷推高台海形勢緊張動盪。
就職演說：推動價值外交 發揮威懾中國力量
賴清德在就職演說中表示，感謝台人支持，不受外來勢力的影響，堅定守護民主，為台灣翻開歷史的新頁。在未來任期的每一天，將「行公義，好憐憫，存謙卑的心，視民如親」，不愧每一分信賴與託付。
他續指，「和平無價，戰爭沒有贏家……國際間已經有高度共識，認為台海的和平穩定，是全球安全與繁榮不可或缺的要素，強調中國的軍事行動以及灰色脅迫被視為全球和平穩定最大的挑戰，美國將提供印太區域額外安全援助，支持台海的和平穩定，而新政府將秉持『4個堅持』，不卑不亢，維持現狀。」
他並呼籲中國停止對台灣的「文攻武嚇」，確保全球免於戰爭的恐懼。他認為，中國要和台灣政府在對等、尊嚴的原則下，以對話取代對抗，交流取代圍堵，進行合作。可以先從重啟雙邊對等的觀光旅遊，以及大學生來台就學開始，一起追求和平共榮。
但賴清德強調，「即使全盤接受中國的主張，放棄主權，中國併吞台灣的企圖並不會消失」，又指台灣和中國互不隸屬，「任何一個政黨，都要反併吞、護主權，不可為了政權犧牲國家主權。」他表示，台灣會強化國防力量，建構經濟安全，展現穩定而有原則的兩岸關係領導能力，以及推動價值外交，跟全球民主國家肩並肩，形成和平共同體，以發揮威懾力量。
發展5大信賴產業 站穩全球供應鏈關鍵地位
經濟上，賴清德政府表示會跟產業界密切合作推動台灣發展，創造「第二次經濟奇蹟」。他表示，台灣要站穩全球供應鏈的關鍵地位，好好把握地緣政治變化所帶來的商機，發展半導體、人工智慧、軍工、安控，以及次世代通訊等「5大信賴產業」，並且持續改善投資環境，歡迎台商回台投資，鼓勵在地的企業擴大投資，根留台灣。
他又表示，立定目標要讓台灣成為無人機民主供應鏈的亞洲中心，也要發展下一個世代通訊的中低軌道衛星，進軍全球太空產業，也要推動海洋產業發展，提升國家競爭力。
他又提到，台灣已經申請加入CPTPP（跨太平洋夥伴全面進步協定），會積極爭取加入區域經濟整合；跟世界民主國家簽訂雙邊投資保障協定，深化貿易夥伴關係；並解決碳關稅問題，進一步開拓發展空間。「台灣絕對有能力，成為經濟日不落國，無論太陽從哪裏升起，都可以照到台灣的企業，造福當地的發展，也讓台灣人民能夠有更富足的生活！」
談及內政，賴清德表示「凡是各位關心的議題、社會需要的改革，政府都會積極以對，全力以赴」，又期待一個更強韌的台灣，可以妥善因應傳染病、天災地變等各類型災害，也期待一個更健康的台灣，因此成立「體育暨運動發展部」，推展全民運動，並且確保健保系統永續經營。
今年2月台灣國會換屆，三黨均不過半，日前表決備受爭議的國會改革法案時肢體衝突不斷，賴清德表示，全民期待議員理性問政，對未來中央和地方的互相合作、行政和立法的協調運作，寄予厚望，「卓榮泰院長率領的內閣團隊，也將優先解決對社會有益、朝野有共識的議題。」
友邦率團訪台 蔡英文：感謝世界支持台灣
蔡英文5月19日晚上於台北晶華酒店接待多名外國特使團，包括巴拉圭、斯威士蘭、馬紹爾群島、帛琉、伯利茲、聖盧西亞、吐瓦魯、聖基茨和尼維斯、聖文森特和格林納丁斯等。
目前，台灣的邦交國已由馬英九時期的22國下跌至12國，諾魯甚至在大選結束後馬上與中國復交。值得注意的是，美國、日本、新加坡、澳洲、加拿大、韓國、歐洲議會、法國、德國、英國等國都派代表前往祝賀，如美國前國務卿阿米蒂奇領導的特使團、英國台英國會小組及對台貿易特使、加拿大國會議員、日本財團會長笹川陽平及新加坡慶賀團。
美國特使團成員表示，有信心賴清德未來執政將延續蔡英文的政策，持續提升台美友好關係。至於新加坡國會前議長則表示，新加坡及台灣是相當重要的貿易夥伴，期盼未來兩地能持續發展互利互惠的合作關係，並深化雙邊友誼。蔡英文認為，新加坡具有強大的金融和物流量能，而台灣則有卓越的創新及科技人才，具有高度互補性和龐大的合作潛力。
蔡英文在Facebook發文表示感謝世界支持台灣：「在地緣政治變化和全球產業鏈重組的挑戰中，因為有世界各國長期以來對台灣的支持，讓台灣走向世界，也讓台灣成為全球不可或缺的民主夥伴。」她總結過去8年的外交政策，表示一直秉持「踏實外交、互惠互助」的精神，發揮”Taiwan can help”的力量，台灣在區域和平及全球經貿發展中扮演關鍵角色。
她又提到，台灣的GDP及外資投資屢創新高，除了是全球第21大經濟體，國家總體競爭力也上升到全球第6名，彰顯台灣的經濟韌性及創新動能。而在經貿關係上亦有不少里程碑，包括與美、美、加三國簽署投資及貿易協議。她希望英國、新加坡，能支持台灣申請加入CPTPP。
小笠原欣幸：賴清德重視對日關係
熟悉台灣政治情況的日本東京外國語大學榮譽教授小笠原欣幸博士，早前接受日本《讀賣新聞》訪問，指出隨着國際社會對台灣局勢的興趣日益濃厚，除了中國、美國和日本密切關注外，這篇就職演說可能是迄今全球關注度最高的一次，而「對日本、美國而言，台灣能夠維持目前自由民主的體制，無疑是最理想的局面。只要有日本能夠提供的支援，應該會適時的提供幫助。」
去年大選期間，小笠原教授曾兩次隨同賴清德參與競選活動，他認為賴清德是一名擁有堅定信念、頑強的政治人物。他在台南開始其政治生涯，而且又是一名醫生，所以十分重視對日關係。因為台南較多選民傾向獨立、與日本歷史關係較深厚，而且台灣的醫生通常對日本懷有好感。
實際上，他在擔任台南市長期間，已與日本多個地方政府簽署友好合作協定，建立友好關係。所以小笠原教授認為，賴清德政府會繼續深化日台交流，「特別是在自然災害或人道主義互助方面，這不是其他國家可以加以干預的。」
他又觀察到，自去年競選期間起，賴清德便一再重申自己主張維持現狀，未曾發表任何暗示台獨的言論，可見他對此話題有所迴避。「我認為他可能會沿用蔡英文一直以來使用的措辭。也就是說，台灣是以中華民國為名的主權獨立國家。」中國雖然對此感到非常不快，但也不太可能立即動武，因為這與對台方針相違背。
他又表示，美國政界私下普遍認為民進黨政權得以延續對美國有利，如果賴清德能夠成功應對台灣的內政挑戰，美國想必也會持正面看法。
就職前一周 中國推出懲獨法律措施
2021年中國首次宣布對台灣個人實施制裁，包括時任行政院長、立法院長和外交部長。就在賴清德新政府就職前一周，5月15日國台辦宣布推出「懲獨法律措施」，並懲戒于北辰、王義川、李正皓、劉寶傑、黃世聰5名台灣電視評論員與家人。
國台辦發言人陳斌華斥他們蓄意編造有關大陸的虛假訊息，並通過媒體大肆傳播，蒙蔽部分台灣民眾。制裁細節尚未明確，但根據以往的案例，他們很可能會被禁止進入內地、香港和澳門，並在同一地區開展業務。
外界視「懲獨法律措施」為中國政府在賴清德就職典禮舉行前的姿態性警告，原因是懲治台獨的法律框架早已成形。國台辦主任宋濤於上周四（16日）出席福州一公開場合則派定心丸，他強調台灣任何政黨、團體，只要不分裂國家，只要認同兩岸都是中國人、一家人，交流交往就不存在障礙，很多事情都好商量、好解決。
然而，宋濤也警告，如果頑固堅持「台獨」立場，「台灣的民生福祉和台海的和平穩定就得不到保障」。他強調「希望廣大台灣同胞與我們一起，堅持體現一個中國原則的『九二共識』，堅決反對『台獨』分裂和外部勢力干涉，有力維護台海和平穩定，推動兩岸關係沿著和平發展的正確方向前進」。
小笠原欣幸教授在Facebook上表示，這是否會對台灣輿論場產生影響值得懷疑。但中國似乎想發出訊號，表明無論賴清德在就職演講發表什麼言論，北京仍會採取強硬的立場。他又指出，習近平時代中國對台政策採取北風與太陽政策，4月份對訪華的國民黨立委代表團大談安撫政策，5月份則繼續懲罰民進黨官員、支持者和反華批評人士。
台灣政治大學外交學系教授黃奎博接受BBC訪問時坦言，對於外交而言，目前看來歐美少數國家對於台北的善意仍然有其限度。他認為，未來中華民國的正式邦交和參與國際組織將繼續艱難，兩岸關係方面，認為賴清德向北京釋出的「善意」仍不會獲得中共信任：「中共應也不會與台北坐下來協商，而且短期內硬的一手將不會停止。整體而言，失比得多。」
國台辦目前總共制裁了15名台灣人，其中擔任副總統的蕭美琴曾兩度受到制裁。
