回歸後，行政長官在1997年第一份施政報告就定下目標， 要使香港成為華南和整個亞太區的產品發明中心。在2000年1月，特區政府在工商及科技局創新科技署轄下成立「香港應用科技研究院有限公司」(「應科院」)，其公眾使命為：
- 進行與產業有關的高質素研究發展工作，並把成果轉移給產業；
- 為香港培育更多科技人才；及
- 鼓勵產業更廣泛地應用科技。
「應科院」早年營運混亂
特區政府每年均以整筆撥款的形式，向「應科院」提供經常性資金，在2006/07年度的撥款為1.2億元 ; 而項目的硏發經費，則由「創科基金」撥出。「應科院」當時的研究重點包括光電子科技、無線通訊、集成電路設計、互聯網軟件及生物科技。
根據審計署2007年首季發表就「應科院」所進行的審計工作顯示，它在2004/05 至2006/07年度的行政成本偏高，佔總成本高達45%。此外，審計署批評「應科院」斥資逾18萬元三度聘風水師看風水。
審計署亦綜合了「應科院」自成立至2006年12月的所有項目表現及研究成果，當中的重點如下：
- 已成功出售項目中，有3個項目的財政收益超過300%，而1個項目則只有25%；
- 其餘17個已完成項目的財政收益介乎 0至54%之間，當中11個項目的財政收益更為5%以下 ;
- 有6個項目沒有提交任何專利申請；及
- 在使用「應科院」研究成果的74名客戶中，39名 (53%) 為外地客戶。
此外，審計署亦批評「應科院」曾多次向立法會工商事務委員會匯報工作表現，但卻不曾匯報因使用「應科院」研發技術而開設職位的數目、帶來的收益、開設合營企業或新公司的數目等資料。就審計署所作出的非常嚴厲批評，工商及科技局局長及創新科技署署長同意審計署的建議。「應科院」時任的行政總裁在該報告公布後不久離職，而董事局亦經歷重大改組。
應定客觀公正產出指標
政府在2017年發表的《創新及科技諮詢委員會報告》(「委員會報告」)，提出一系列建議及訂立九項創科的關鍵績效指標。指標範圍包括 : 多項研發開支比例、製造業佔本地生產總值的比率、初創企業的數目、創科設施數目及創科界的就業人數等。
惟這都缺乏直接量度創科的產出、效益及成效的指標。政府自始採納了一項複雜的績效指標 : 產業提供資金 （Industry Income）佔研發項目批淮支出（Approved Project Expenditure）比例，須達30% （「應科院」近年表現請參閱下表）；這又是另一項「投入指標」、而非「產出」指標。
既然「應科院」的首要成立目的是硏發有市場商業價值的應用技術和產品，那麼它每年能有多少的商業收益（不包括捐款），就應該是最簡單而最重要的績效產出指標。就以此計算，近年「應科院」商業化研發收益佔其總支出比例，一直未能改善，都低於5% （即是說，「應科院」每100元的支出，其直接商業收益不足5元）。
當然，「應科院」近年都不斷聲稱加強了很多相關的工作，例如人才培訓，而這些活動亦很有價值；但事實上並不能具體改善其市場效益，「應科院」似乎已成為一個創科「福利機構」。
| 「應科院」的主要支出及研發收益比例 (2019-2021) | ||||
| 2018/19 | 2019/20 | 2020/2021 | 2019-2021平均數 | |
| 研發支出* | 346.9 | 358.6 | 333.2 | 345.9 |
| 營運支出 | 156.9 | 170.2 | 174.0 | 172.1 |
| 產業提供支金 | 96.9 | 117.0 | 65.5 | 91.3 |
| 產業提供支金佔研發項目批淮支出比例 | 36% | 33% | 34% | 34% |
| 商業化研發成果的收益** | 21.2 | 25.9 | 10.0 | 18.0 |
| 商業化研發收益佔總支出比例*** | 4.2% | 4.9% | 2.0% | 3.5% |
資料來源：2021年立法會工商事務委員會有關文件整理*跟據「應科院」的定義 : 「研發支出」包括政府提供資金和產業提供資金兩部份** 跟據「應科院」的定義 : 「商業化研發成果的收益」是計算「產業提供資金」的一部份*** 總支出 = 硏發支出 + 營運支出 | ||||
讓我們參考一些海外的例子，南韓及芬蘭兩個在創科較為成熟的國家，它們均有為創科發展訂定清晰的產出指標。芬蘭的Research and Innovation Policy Review列出了12項產出指標，而南韓的Main Science & Technology Indicators for Korea亦列出了10項產出指標。
應執行成本效益評估
筆者在七月初本欄發表一篇《香港新產業政策的理論依據》的文章指出，近年一些關注公共政策硏究學者，開始引用進行大規模基建項目（例如大型水壩、高速鐵路等）可行性研究所採用的「成本效益」分析，應用於設立科硏設施的前期決策上，以及評估其成立後營運的經濟和社會成效。
意大利Florio等學者經過多年的研究，在2016年就發表了一份重要的基礎性報告，介紹如何應用「成本效益」分析於科硏設施效益的評估上 ; 近年，這工具已多方應用於歐盟一些有關科硏設施上。
「應科院」作為單一的應用科硏機構，已營運約20年，總經費可能已達100億，是非常適合採用「成本效益」的分析架構，以全面檢視其成立至今的成本效益，並作為策劃「應科院」未來發展的參考。「應科院」可能認為沒有這個評估的必要，但在夏寶龍主任一再提醒特區政府官員須「會幹事、能幹事、幹成事」的基礎上，筆者認為特區政府必須以Florio等學者的有關報告為依據，對「應科院」儘快執行全面「成本效益」的嚴謹評估。
審計從2007年「應科院」的報告，到2014年「創意智優計劃」的報告，經歷多年時間，政府的有關政策並沒有改善，不斷重覆錯誤，情況是令人失望的。財政司司長在2018年的財政預算案中，預留500億元作支援創科發展，當中有100億元會向「創科基金」注資，以支援應用研發的工作。
香港政府的創科發展一直強調資源投入，不斷加碼 ; 但其商業化及產出卻得不到應有的關注，更遑論評估整體創科的成效。
