屯門青山禪院（青山寺）、元朗靈渡寺和凌雲寺，並稱「香港三大古剎」。它們均在新界西部，接近昔日的海上交通樞紐屯門。前二寺與杯渡禪師有關，相傳這位僧人於南北朝劉宋年間（420至479年）來港居停，駐錫於今天的青山，時稱「杯渡山」。他將佛法普施大眾，被視為第一位將佛教傳入香港的人。
乘杯渡水之奇僧
杯渡禪師為何許人? 文獻沒有詳細記載，他原籍印度還是中國亦不清楚。嘉慶《新安縣志》卷之二十一〈人物志〉有一段介紹他：「杯渡禪師，不知姓名，嘗乘木杯渡水，因而為號。遊止靡定，不修細行，神力卓越，人莫測其由。至京師，為齊諧妻胡氏治病，一咒立愈。齊諧拜禮為師，因作《傳》，記其神異。元嘉三年（426年）九月，師東行，至山湖，托病而死。諧接屍，還葬覆舟山。後五年三月，杯渡復來，齊諧驚異。須臾，門外一僧喚師，師便辭去，云『當往交、廣之間』。遂以木杯渡海，憩邑屯門山，後人因名曰杯渡山。」
康熙《新安縣志》卷之三〈地理志〉記載了杯渡山，說：「一名聖山，南漢時封為瑞應山。有滴水岩，有杯渡庵，有虎跑井，韓愈、蔣之奇各有詩。」這說明清初之前，杯渡山已有杯渡庵，此乃今天青山禪院的前身。
《新安縣志》亦有介紹杯渡石像，「在半山石岩內，深三尺，闊二丈，中有石台，像設其上，約高五尺六寸。」青山禪院後方的石洞，相傳為杯渡禪師修道之處。後人雕刻一尊僧人石像置於洞中，康熙和嘉慶的《新安縣志》都將石像列為古蹟，可知歷史悠久。但現在原物已失，所見的估計於清末民初仿造。
青山禪院的變遷
隨着朝代更替，寺院經歷多番改變，宋朝改為「斗姆宮」，元代易名「青雲觀」。1914年陳春亭獲屯門陶氏族人委任為青雲觀主持，但4年後他受凌雲寺妙參法師開導，皈依佛教，法號「顯奇」。他購入青雲觀旁的土地，重建佛寺，1920年代完成，名「青山禪院」。
該寺現有五座殿堂和門樓被列為一級歷史建築，包括牌樓、山門、地藏殿、護法殿和大雄寶殿，另有多座二級和三級歷史建築。牌樓上的「香海名山」四字由第17任港督金文泰（Cecil Clementi）親筆書寫，他是英國人，熱愛中國文化，既能說流利廣東話，還練得一手中文字。
顯奇法師圓寂後，先後由多位法師接任住持，包括符可、了幻、達安、夢生和覺華。後期出現管理權糾紛，經過訴訟聆訊，2002年高等法院作出判決，交由政府委任之社會人士以信託形式管理，今天的青山禪院已變成一所公眾寺院了。
寺旁的青雲觀亦出現管理權紛爭，有陶氏族人反對寺觀用作骨灰龕而訴諸法庭，至今仍沒完沒了。現在所見的青雲觀乃近年重建，外貌簇新，只有門額、裏面的送田芳名碑、斗姆像和王靈官像為清代舊物。
靈渡寺和凌雲寺
據《新安縣志》所載，杯渡禪師亦曾駐錫靈渡山，此山與杯渡山相對，有杯渡井，山腰有靈渡寺。清道光年間，厦村鄉新圍鄧氏認為該處地勢恰肖虎形，寺廟所在如同虎頭，具有煞氣，於是購下該廟，拆卸後在山下重建，並特意將寺門開在側面，朝向鄧族圍村，以求庇佑。
另一古剎凌雲寺位於觀音山麓，原是凌雲靜室，其創建與錦田鄧族一段孝悌事蹟有關。話說錦田鄧氏九世祖鄧洪儀已婚並有三子，名欽、鎮和銳。明洪武廿九年（1396年），弟弟洪贄因受牽連而被發配黑龍江，由於尚未有子後繼香燈，洪儀於是冒弟之名充軍。三年期滿後回鄉，行至江南時題詩求乞，獲陳氏聘為塾師，並將養女黃氏許配給他，誕下一子名鋗。洪儀病逝後，黃氏帶同丈夫骨灰、遺物和兒子到錦田與鄧欽三兄弟相認。翌年鄧鋗意外死去，黃氏痛不欲生，宣德年間鄧欽三兄弟為庶母蓋建凌雲靜室，給她拜佛靜修。
靜室後來改為佛寺，20世紀初已無法師繼承，寺門破落。妙參法師到來重興佛門，並說服鄉紳鄧伯球捐出該寺和土地，將凌雲寺改為女眾十方叢林。1928年妙參法師圓寂，由比丘尼接任住持，是女尼潛修念佛的道場，寺中的功德堂仍供奉鄧洪儀及黃氏之蓮位。
