蔡元培一生智仁勇兼備，一生為培養國家元氣努力，一生獻身於教育，稱為現代教育之父，當之無愧。
學貫中西 文武兼備
蔡元培年輕時早已聲譽鵲起，而當了北京大學首任校長之時，更是名滿天下。當時中國名士學者多如繁星，何以蔡元培能領袖群英呢？原來他學貫中西，抱負、眼界、魄力、骨氣旁人更難以比擬。不說不知，蔡元培是舊社會科舉制度下的翰林進士。
1904年37歲，時仍為清朝，他在上海組織光復會，投身革命活動。更令人難以置信的，蔡元培竟是民初革命志士組成的暗殺團中殺手（汪精衛亦是其中一人），近代史上仍有零星記載。
蔡元培1907年40歲，在駐德國公使幫助下到德國柏林讀書，聽課研習美學、心理學、哲學等學科。46歲時再赴法國作學術研究，期間編撰哲學美學着作。1916年回國，接受任命為北京大學校長。
除舊立新 引領時代
人論蔡元培事業最大成就是建立北京大學新氣象。先是他把一所暮氣沉沉，因循陳舊的京師學堂、改造成煥然一新、學術兼容、與時俱進的最高學府。蔡元培還推行男女同校，倡導平民教育，在當時守舊社會可謂石破天驚。
他聘用學者不宥門戶之見，只要學有所長，都能破格錄用。聘用當時受青年歡迎刊物《新青年》主編陳獨秀為文科學長，又用胡適、錢玄同、李大釗等新派人物任教；倡導學術民主，思想自由，使北京大學成為新文化重鎮，風氣帶動全國學界呈現一片朝陽勃氣。
蔡元培其實因受到北洋軍閥信賴才得以為文壇祭酒，但蔡氏既得其位，卻高呼「教授治校」，堅拒軍閥政治勢力入侵校政，同時勸勉學生讀書是為求學問，不是求當官。當時北洋政府竟無一微詞，相信亦為蔡元培學問和人格，高識遠矚所敬佩。
反對學生在校政治運動
1919年五四運動旋風陡起，由北京大學一校行動擴至全國風潮（詳情可見另章） 。由於北京學生感到日本軍國欺負，罷課上街抗議。發生火燒趙家樓，毆打官員粗暴行為，部分北大生即被當局拘捕。
蔡元培即以校長身分，向北洋政府交涉，說「學生之行動，為團體之行動，即學校之行動，只可歸罪於校長，不得罪及學生一人。」並說：「被捕學生的安全，是我的事，」要求釋放學生，願以一身扺罪。結果這批學生全部釋放。國事頹唐之際，見到蔡氏對學生的愛護，更見到他的風骨和擔當。
當年學生運動得校長親身奔走，關懷備至，因而深受鼓舞。而學生上街抗議行動：又得到不少民眾支持，學生感到自己乃正義之舉，於是變本加厲，衝擊法治社會，趨於無法無天之勢。蔡元培此時明言學校是學生安靜求學地方，不要把複雜的政治問題帶進校園。
蔡元培反對學生激動與示威，認為學生若要救國先讀好書，莫為理想衝昏頭腦而妄為。但學生情緒激動澎湃，又受到外界稱讚鼓舞，嚐到力量之甜果，氣燄狂張。蔡元培眼見學生成脫韁之馬，無法勸喻，只有無奈離開嘔心瀝血一手創新的北京大學。
偉大的教育理念和五育
蔡元培是舊社會的進士，當無人懷疑他那深湛的國故學問；其後他親赴外洋，潛心學習西方現代知識，可謂學貫中西。他對新時代國民教育至為關切，除在北京大學推行新學體制，還提出許多教育理念。提出「救國不忘讀書」的名言。
蔡元培提出教育「五育」並舉，五育即德、智、體、群、美。國人自古只重視德育和智育，但體育、群育和美育卻鮮有道及。群育即培育合群的個性，善與人和，不自私自利，即今日倡言之團隊精神。體育今日人人知道重要，但沒有他說得徹底。
蔡元培把美育推至前無古人的品位。他說「美育，所以陶養吾人之感情，使有高尚純潔之習慣。」意即美育教育，能陶冶性情，欣賞萬物，培養一個人有高尚情操。美學有移入感情作用，對德育大有幫助，可見蔡氏識見之深遠。
居港期間仍然心繫國事
1937年七七事變後，蔡元培前往香港。他在居港期間仍然心繫國事，呼籲國際聯盟制裁日本侵略，曾公開發表抗日演說。
1940年3月初，蔡元培失足摔倒。5日早上不治，享年72歲。葬禮在港舉行公祭。據說致祭時極為哄動，同年安葬於香港仔華人永遠墳場至今。蔡元培自稱孑民，墓碑上書蔡孑民。孑民何意？孓孑為粵語「蚊滋仔」之意。何其謙卑？
