衛生防護中心公布，截至9月6日凌晨12時，本港新增21宗新冠肺炎確診個案，有5宗從全民檢測得知。有15宗本地個案，其中7宗本地個案源頭不明。6宗輸入個案。另外10宗以下的初步確診。
至今本港個案累計4879宗（包括4878宗確診個案和1宗疑似個案），96人死亡。
普及社區檢測計劃第6日，公務員事務局局長聶德權表示，截至9月6日下午5時30分，累計已經超過100萬名市民接受採樣； 而在網上預約登記的人數亦已經超過112萬。當中有超過9000人透過屋邨辦事處或郵局預約，已有864000人採樣檢測。
許樹昌：每人打兩針才可持續有抗體
政府抗疫督導委員會專家顧問、中大呼吸系統科講座教授許樹昌表示，衞生署於8月底向一個國際機構，預訂佔香港人口35%數量的新冠肺炎疫苗，目前未知會提供什麼疫苗，可能是來自目前現有幾間廠商，至於餘下的65%香港人口，衞生署會另外購買3種疫苗覆蓋。
許樹昌預計，接種安排與季節性流感相若，先安排長者、長期病患者及醫療人員接種，目標是全部市民可以接種，但要每人打兩針才可持續有抗體。
陳肇始：再做普及社區檢測計劃機會不大
食物及衞生局局長陳肇始出席無綫電視一個電視節目表示，當普及社區檢測計劃結束後，當局會分析數據，掌握究竟有多少隱形病人、分佈如何、什麼組群及年齡層等，對制定未來防疫抗疫措施有一定幫助。
她說，計劃結束後，再做的機會不大，但不會停止特定群組檢測，或會擴大特定群組。尤其專家說冬天會有另一波疫情，了解現時整體情況，有助將來應對。
聶德權：普及社區檢測數字 可作恢復跨境出行參考
公務員事務局局長聶德權表示，如未來想恢復正常生活及經濟活動，特別是跨境出行，涉及當地對香港疫情的認知，相信當地政府可以透過每日確診數字、疫情發展數據了解，而普及社區檢測若有較高的檢測數字，相信可以用作參考，認為檢測數字愈高愈好，亦並非要達到一定數目才有價值。
黃大仙翠竹花園69歲女病人離世
廣華醫院公布，一名69歲確診感染2019冠狀病毒病女病人（2792）於9月5日晚上離世。
病人住在黃大仙翠竹花園13座，有長期病患，因確診感染2019冠狀病毒病，於7月27日入住廣華醫院接受治療。病人於7月30日轉送深切治療部。病人經治療後，2019冠狀病毒病病毒檢測呈陰性。但病人病情其後持續惡化，延至9月5日晚上10時04分離世。
屯門新屯門中心69歲男病人離世
屯門醫院發言人公布，一名確診2019冠狀病毒病的69歲男病人（4729）於9月6日離世。
病人住在屯門新屯門中心2座，有長期病患，於8月24日因呼吸困難和咳嗽入住屯門醫院接受治療。病人情況持續惡化，延至9月6日下午5時52分離世。
黃大仙83歲老翁離世
伊利沙伯醫院發言人公布，一名確診2019冠狀病毒病的82歲男病人（3308）於晚上離世。
病人住在黃大仙竹園聯合村，有長期病患，他於7月31日因咳嗽及發燒入住伊利沙伯醫院接受治療，病人情況持續惡化，延至晚上8時44分離世。
有5宗確診個案從全民檢測得知 有3人來自同一家庭
4866：60歲家庭主婦，無病徵，住在東涌，去東涌體育館接受檢測。平常去附近公園和街市。
4867、4872、4873：來自同一家庭，住在港景峰，9月2日去佐敦官涌體育館接受全民檢測，其後證實確診，感染源頭不明。
4867：89歲女士，8月29日開始咳嗽，看過私家醫生。
4873：92歲男士，8月29日開始咳嗽，看過私家醫生。
4872：外傭，8月22日有喉嚨痛。
4879：59歲男士，在灣仔道金陵會餐廳工作。餐廳由7月中至今關閉，患者在9月4日去彩雲社區中心接受檢測，對病毒呈陽性。9月3日曾經頭痛，看過私家醫生。
荔枝角收押所54歲在囚人士確診
4871：54歲在囚人士，在8月21日判處還押到小欖精神病治療中心，9月4日其後被轉送到茘枝角收押所。
4874：75歲退休男士，因為家裏裝修，6月至今住在荃灣如心酒店，去附近茶樓飲茶。
4875：39歲女士，在尖沙咀區工作，從事文職，住在天水圍天耀邨。平常去屯門市中心購物。
壁屋監獄22歲泰籍男子確診
4877：一名由壁屋監獄轉送青山灣入境事務中心的22歲男泰籍被羈留人士。
該名人士於7月31日被法庭判處入獄八周，懲教署按既定機制安排他在荔枝角收押所接受隔離觀察，其間他一直有進行體溫探測，體溫正常，並無任何病徵。
8月22日，該名人士被轉送到壁屋監獄繼續服刑。壁屋監獄內設有一幢洗衣大樓，負責清洗醫院管理局轄下醫院的污衣，當中包括病人使用過的衣服、床單被袋等。該名人士被安排於處理及清洗污衣的工場工作。
9月4日，該名於壁屋監獄服刑完畢的在囚人士被送往青山灣入境事務中心等候遣返。他在接受測試後，於9月5日晚上獲通知確診2019冠狀病毒病，已即時送往醫院接受治療。
在壁屋監獄曾與他有密切接觸的在囚人士目前沒有出現病徵。懲教署已與衞生防護中心及醫院管理局聯絡，安排有密切接觸的人員及在囚人士進行病毒測試，並安排洗衣大樓停工，進行徹底清潔消毒。
6宗輸入個案
4859：9月4日從西班牙抵港。
4860：美國貨機機師，9月4日抵港。
4865：來自俄羅斯的空中服務人士。
4870：懷孕36周的25歲巴基斯坦籍孕婦，8月21日抵港，在屯門醫院留醫。
4876：菲傭，9月4日抵港。
4878：來自印度。
4510人出院 188人穩定 14人嚴重 22人危殆 96人死亡
醫管局報告，截至9月6日早上9時，過去24小時，醫管局向衛生署呈報28宗懷疑個案。
截至9月6日上午9時，有18名病人康復出院，至今4510名病人出院。
截至9月6日上午9時，現時共有224名確診病人分別於19間公立醫院及亞博館社區隔離設施留醫，其中22人情況危殆，14人情況嚴重，其餘188人情況穩定。
截至9月6日上午9時，已使用的負壓病床共1209張，使用率約42.5%。負壓病房有677間，使用率約56.3%。
