實藤第一件誠心道歉的事，就是1938年9月受聘為日本軍國主義政府外務省文化事業部特別研究員，利用庚子賠款的資助，到中國淪陷區調研， 為期一整年。他以北京為基地，先後前往天津、大連、瀋陽、哈爾濱、南京、上海、廈門、汕頭、廣州和香港等地考察。此行目的有二：第一，收集有關中國人留學日本的史料，以便完成其《留日史》一書。在這一年內，他搜購了四、五千冊的圖書，運回日本。第二，他奉命以日本政府「特別研究員」身份，處理淪陷區的「危險書刊」，包括大批中文期刊和外文書籍。按照當年日本侵略軍在淪陷區的管理條例，凡是有反日言論或共產主義思想的書刊，一律列為禁書，移交由漢奸所辦的「新民塾」圖書館，等候實藤惠秀等特派專家處理。 實藤沒有詳細交代如何「處理」這些「禁書」；這些「禁書」的最後命運，大概也不是實藤一人說了算的。值得一提的是， 實藤卻因利成便，完成了《中國雜誌年表（1）》（齋藤秋男合編）及《中譯日文書目錄》。這些學術研究的成果，被有關當局用以宣揚日本對中國近代文化的影響， 配合當時的侵華政策，使實藤耿耿於懷。
近代中日文化關係史寶庫——實藤文庫
其中還有一件涉及私德問題的事，更令實藤惠秀慚愧不已。他從各地「新民塾」借出不少書刊，作為《留日史》和其他有關研究之用，包括：
1． 中國人的日本遊記；
2． 中國人學習日本語的課本；
3． 日文書的中文譯本；
4． 西方人用漢語編著的圖書；
5． 其他有關中國現代文化的書刊，特別是中國的期刊雜誌。
這些借書，實藤用後大都歸還。但是，其中有29冊，他私自帶回日本，據為己有，後來成為東京都立日比穀圖書館實藤文庫的藏書。連同實藤從中國購買的四、五千冊圖書，使實藤文庫成為研究近代中日文化關係史的寶庫。
最令實藤惠秀難過和後悔的是：他在戰時發表了一些中日關係的言論，有意無意支持日本軍國主義宣導的大東亞共榮圈。這些言論收集在下列三書：一、《日本文化の支那への影响》（東京：瑩雪書院，1940年）；張銘三譯《日本文化给中國的影響》（上海：新申報館，1944年）；二、《近代日支文化論》（東京：大東出版社，1941年）；三、《明治日支文化交涉》（東京：光風馆，1943年）。
實藤的文化工作
實藤的時論，被認為是對中國人所做的「文化工作」，其論據大都十分淺薄， 沒有說服力。例如，他站在專家學者的高度，說:「現在我們日本的總文化，處在中國的上位，惟其如此，所以自明治二十九 〔1896〕年以來，中國不斷派遣多數留學了生渡日。」至於所謂「日本的總文化」是什麼，中國留日學生有何救國情懷，他們學了些什麼，他始終沒有說清楚。
戰時的實藤認為他的對華主張是溫和的、科學的，並非擁護日本赤裸裸的軍國主義。他雖然沒有刻意炮製侵華辱華的言論，卻在日記流露自己十分紊亂的思路：
有熱愛這塊土地的民族，也有破壞這塊土地的民族。……中華民族是如何對待這塊土地的呢？很遺憾，不能說是愛護。 他們講「錦繡河山」；其實，「荒野」若能耕耘好，應可算是錦繡吧！但中國的「山」，很可惜多是禿山；「河」也因此時時氾濫。這樣子是自然造成還是人為的呢？現在，只要憑人類的努力，禿山也可以綠化成林。這難道不是科學帶來的進步嗎？因此，從彌補不足、幫助後進的意義出發，日本向大陸的「進入」，應可認為是「天意」吧？
實藤確實不滿有些中國人暴饜天物，肆意破壞生態環境。他恨鐵不成鋼，以為這種開罵是出於對中國錦繡河山的愛護；更以為由日本對中國環保事業給予「幫助」或「補其不足」，就是一番好意。他進而主張 「日本向大陸的『進入』，應可認為是『天意』」。他罔顧中國的國家主權，這不是強盜的邏輯，又是什麼？
「辯而明」式的歪理
實藤還妄想通過「辯而明」的方法說服中國人認同他那似是而非的歪理：
無論是黃河還是長江， 從幾萬年前起就這樣地流着， 稱它們為黃河、長江，也是幾千年前的事了。但江、河本身卻和這些稱呼沒有什麼關係，因為它們幾萬年來就是這樣流着的。這些並不是專為哪個民族的……平心而論，這些江河既可稱為「富士川」， 也可稱為 “Long River”，還可以用其他名稱來稱謂。也許以前就有過江河以外的叫法。……然而，這並不是說以前已經劃分好了的地方，現在就可以隨便地奪取過來。 人類應該像「辯而明」那樣求得進步；（過去）靠武力來奪取，正是因為人類尚處於進步的過程中。
實藤的世界經濟學
實藤進而推銷他的「世界經濟學」：
地球上的人類應當平等地利用地球上的一切資源。人與物的關係應該科學地進行探測，並且經過理論上的爭辯來加以界定。要發展經濟學的政治理論， 便必要創立「世界經濟學」。因為地球是屬於全人類的， 說從哪裏到哪裏是屬於某一個民族的國土，這只不過是被地圖上的顏色所迷惑的近視觀點而已。地球上的「動產」（如都市、道路、運河、萬里長城等），可以算是屬於從事建設的民族，可是土地本身則不然，應該是屬於全人類的，愈往下挖，這一道理就愈清楚。
其實，對於實藤的「世界經濟學」，愈是向下挖，讀者就變得愈來愈糊塗。不知道當時實藤是否同意把富士山改名為中華山或 Mt. Korea，又是否容許其他人類本地球資源分享的理念到東京市中心挖地道、經營商鋪呢？
對於自己戰時的荒謬的言論，實藤在戰後感到十分慚愧。 他不斷認真自我批判，承認「〔作為〕研究現代中國的人，〔我〕卻不自覺被〔當時的〕政治口號所迷惑！竟至如此無知！〔一心想〕成為一個現代中國研究專家的我，結果卻和一般日本人的見識一樣！」
近代中日文化關係研究的先行者：實藤惠秀系列之五
