香港城市大學（城大）的研究團隊開發嶄新檢測方法，能夠檢測活細胞內與非編碼RNA（核糖核酸）結合的蛋白質。這項新技術有望應用於癌症診斷與幹細胞研究，甚至有助找出治療新型冠狀病毒的潛在藥物靶點。
非編碼RNA被普遍認為是表觀遺傳調控的重要因子，並與許多疾病的形成有關。然而，要明確了解它們與活細胞中蛋白質之相互作用，有很大技術局限，因此其生物功能仍是未解之謎。
為進一步揭示其作用以作出診斷或治療，研究團隊開發了名為「以CRISPR輔助檢測RNA與蛋白質相互作用」（CARPID）的新技術，可以靈敏地在活細胞中檢測與目標RNA結合的蛋白質。
這項研究由城大生物醫學系副教授嚴健博士、張亮博士和陳居明博士共同領導。研究結果早前在科學期刊《自然方法》上發表，題為「以CRISPR輔助檢測活細胞內RNA與蛋白質相互作用」。該刊的影響因子（Impact Factor）在生物醫學領域位列第一。
研究團隊借助現時最先進的基因編輯技術CRISPR/dCasRx系統導航，找出目標RNA，再運用鄰近生物素標記技術，找出活細胞中RNA與蛋白質的相互作用。
診斷癌症的生物標誌物
研究團隊認為CARPID的應用範圍廣泛，包括檢測病毒RNA的結合蛋白。嚴博士說：「舉個例子，SARS-CoV-2就是一種引起新型冠狀病毒的RNA病毒。一旦細胞受病毒感染，我們可以用CARPID來檢測該RNA病毒在病毒生命周期中與哪些細胞蛋白結合。如果能夠減少這些結合蛋白的數量，或許可以抑制病毒的複製。這些資訊可能有助找出潛在的抗病毒藥物靶點。」
張博士指出，由於非編碼RNA在癌細胞的數量比在正常細胞內高出很多，因此被視為診斷癌症的生物標誌物。如果可檢測癌細胞中這些非編碼RNA的結合蛋白，或有助找出致癌機制及用於癌症診斷或治療的潛在藥物靶點。研究團隊亦會嘗試將新方法應用於幹細胞研究。
此外，該檢測可在活細胞中進行，並在生理狀態下完全恢復RNA與蛋白質之間的相互作用；同時能夠靈敏地檢測出任何長度或濃度的RNA結合蛋白，而大部分現有方法只能應用於較長的非編碼RNA。
陳博士、嚴博士、張博士是論文的共同通訊作者。論文的共同第一作者是生物醫學系博士生李靖宇和朱孝軒，以及來自西安西北大學的易文凱和王曦博士。
