末代港督彭定康早前在 Project Syndicate 網站發表「The Closing of the Academic Mind」（翻譯為《學術精神的落幕》）文章，稱他出任港督期間，曾就港督擔任香港的大學校監（Chancellor）的安排抗議，認為應該由大學本身選出自己的憲制領導，但不獲接納（「I protested that it would surely be better for the University to choose their constitutional head. But the Universities would not allow me to resign gracefully」。
港府立刻反駁
其實彭文的主旨是批評近年英美大學（包括他任校監的牛津大學）出現一股不容納違反今天普世價值的歷史人物及其思想的「政治正確」風氣，損害了理應不分正邪的學術自由。（例如，牛津大學便有學生發起抗議行動，要求移除紀念 Cecil Rhodes（羅德斯）這位象徵英國殖民地、種族歧視及帝國主義的代表人物的雕像，藉此表示大學不容納他代表的思想。）
為了加強學術自由須包容異見的觀點，彭定康便以中國和香港的處境為反面教材，指中國不容大學校園討論所謂西方價值，而香港的院校自由和學術自由近日亦受到威脅。
彭定康不是一般可以不理的時事評論人，所以特區政府教育局立刻發表聲明反駁他的文章。聲明指出，彭定康任港督期間，於1994年會同行政局批准城大、浸大及理大3所學院升格為大學時，同時「確立」由總督出任大學校監的法定制度，並在相關的大學條例作出規定。他在餘下任期亦沒有修改此制度。（「確立」一詞的官方英文版本是較為準確的“reaffirmed”（即「再次確定」。）
就彭文稱香港的大學受到北京或特區政府干預一事，教育局聲明批評此說法毫無事實根據，純屬無中生有。聲明引述港大校長馬斐森於去年12月17日發表的演辭，其中談及學術自由和院校自主的涵意和關係。馬斐森認為學術自由包括學習、研究、書、寫、講任何具爭議性學術的自由，而他認為香港大學的學術自由活生生、沒有問題（“alive and well”）。
自主？各公眾負責？
在院校自主方面，馬斐森認為香港大學不應享有，亦不應期望享有百分百的自主，理由是受公帑資助的大學需要向公眾負責，而代表公眾的政府適宜就社會的需要和相關的影響，評估、確認及調整大學的運作。這個情況與其他地方，例如英、美、加、日、韓沒有什麼分別。
今天不少人擔心香港的大學享有的學術自由和院校自主受到威脅，源自早前香港大學校委會在否決陳文敏出任副校長一事上荒謬離奇地偏離程序，以及特首梁振英運用其作為校監的權力，委任李國章為港大校委會主席及其他大學校董會／校委會成員上獨斷獨行。這個疑慮導致部分大學學生及教職員建議應廢除特首出任大學校監的法例或取消其委任校委會／校董會成員的權力。
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